Bağışıklık sisteminin zararlı etkenleri tanıyıp, onları tekrar görür görmez saldırmak üzere hafızasına alan birimine ise "öğrenilmiş" bağışıklık denir.
Eğer bu sistem hafızasına aldığı yabancı kayıtlar ile kendi hücrelerini ayırt edemez hale gelirse, zararlı zannettiği kendi hücrelerine, dokularına ve organlarına saldırır. Bu durumda da oto immün hastalıklar başlığı altında listelenen yine onlarca farklı kronik hastalık olarak karşımıza çıkmaktadır. Kronik otoinflamatuvar hastalıklar bölümünde de anlattığımız gibi bazen bu hastalık grubu iç içe geçer.
Otoimmün hastalıkların temelinde "moleküler mimikri" kavramı önemli bir yer tutar. Vücuda -genellikle barsaklardan- giren her türlü yabancı molekülü bağışıklık sistemi bir anlamda "fişler" ve gördüğü her yerde yok etmek üzere saldırır. Bazen bu yabancı moleküllerin vücudun normal hücrelerinde de olan moleküllere benzemesi halinde bir "karışıklık" olur. Ve bağışıklık sistemi kendi yurttaşlarına saldıran güvenlik güçleri gibi sorunun kaynağı olmaya başlarlar. Yoktan yere şiddet olayları ve anarşi başlar, sürer, bitmek bilmez. Bazen bu tahribatın olduğu bölge tiroid bezidir, ortaya çıkan hastalık otoimmün tiroidit adını alır, bazen ciltte bu saldırılar tahribat yapar hastalığın adı sedef olabilir. Temelde aynı olaydır.
Fonksiyonel tıpta ortak bir zeminde kök neden otoimmünite olarak ele alınır. Nedeni aranır. Kök tedavisi yapılmaya çalışılır.