Tüm diğer canlılar gibi, insan vücudu da kendisini diğer canlıların istilasından korumak için, çok karmaşık ve bir o kadar da güçlü bir bağışıklık sistemine sahiptir. Bağışıklık sisteminin yabancı bulduğu her etkene saldıran "doğal" birimlerinin aşırı uyarılmaları, kronik inflamatuvar hastalıklar başlığı altındaki onlarca tam olarak tedavi edilemeyen hastalık karşımıza çıkmış olurlar.
Bağışıklık sisteminin zararlı etkenleri tanıyıp, onları tekrar görür görmez saldırmak üzere hafızasına alan birimine ise "öğrenilmiş" bağışıklık denir. Eğer bu sistem hafızasına aldığı yabancı kayıtlar ile kendi hücrelerini ayırt edemez hale gelirse, zararlı zannettiği kendi hücrelerine, dokularına ve organlarına saldırır. Bu durumda da oto immün hastalıklar başlığı altında listelenen yine onlarca farklı kronik hastalık olarak karşımıza çıkmaktadır.
Aslında bu iki durum çok farklı olsalar da, geniş bir yelpazenin iki uçlarında yer alırlar. Ve arada iç içe geçen ara durumlar da mevcuttur. Aşağıdaki resimde çok güzel bir şekilde gösterildiği gibi genetik alt yapının üzerine çevresel faktörlerin etkisi ile klinik bulgular ve hastalıklar oluşuyor.
Hangisinin ne kadar payı olduğunun pek bir önemi yok fonksiyonel tıp açısından... Otoinflamasyon da, otoimmünite de onarılması gereken kök nedenler... Fonksiyonel tıbbın alet çantasındakilerle: Beslenme, spor/egzersiz, uyku/dinlenme, stres yönetimi + ilaç ve destek (takviyeler)